La Confrérie est une création de Eric Lensherr, plus connu désormais sous le pseudonyme de Magnéto ou Magnus. Face aux traitements réservés aux mutants par les humains, Magnéto abandonna les idéaux de son ancien ami, Charles Xavier, pour prendre une voie plus violente. Désireux de voir la race mutante s’épanouir sans restriction de la part des humains, Eric décida de créer la Confrérie afin de rassembler autour de lui des mutants capablent de faire vivre ses objectifs. Le contrôle des gouvernements par les humains est perçu comme une oppression, la confrérie agit donc afin de renverser ces hommes, devant des ennemis déclarés de l’homo sapiens. Les membres de la Confrérie se sont installés dans une villa des quartiers résidentielles de New-York, aménageant leur propre base.
Malgré cette haine pour les humains, la confrérie se doit de rester pour l’instant dans l’ombre, n’ayant aucun moyen de pouvoir lutter contre les humains si la population, apprenant leur existence, venait à tenter l’élimination de la race mutante. Cependant, la situation semble peu à peu évoluer pour le groupe de Magnéto, et leurs actions jusqu'ici rares et cachés sont en passe de prendre une tout autre ampleur.
Magnéto étant récemment revenu de voyage, le mutant semble avoir appris de nombreuses choses durant ce tour du monde. Désormais prêt à donner une nouvelle ampleur à son action, il a d'ors et déjà envoyé dépêché Mystique comme espionne et installer des pions dans d'autres zones du monde, à l’insu de ses propres subordonnées. Eric est un homme prudent et un leadeur éclairé, se préparant à transformer sa petite résistance spirituelle en guérilla.