Le Projet Soldier est en réalité la réouverture et la fusion de deux anciens projets du gouvernements des États-Unis : le projet Super-Soldier et le projet Arme-X. Après l'échec du projet initial Arme-X, cette nouvelle version tente de créer des soldats humains dotés de capacités surhumaines en se servant de spécimens mutants. Ne pouvant pas atteindre cet objectif pour l'instant et ayant besoin d'une équipe capable de capturer des spécimens d'homo supérior afin de pouvoir travailler sur eux, une nouvelle équipe de mutants est sur le point d'être formée afin de servir les intérêts du projet.
La base du projet Soldier se trouvent dans le désert Sonara en Arizona, bien loin des regards du monde. L'ancienne base du projet Arme-X se trouvait dans les montagnes rocheuses, dans la partie du Canada, éloignée de toute civilisation.
Depuis sa création, le projet semble avoir du mal à former une véritable équipe, cependant quelques mutants travaillent déjà sous le commandement de l'homme que l'on nomme l'Intendant. En coulisse plusieurs groupes tentent de faire valoir leurs intérêts en jouant d'influence. Les militaires de pentagone présentent les mutants, et si le projet abouti, les super-soldats, comme une puissance militaire qu'ils se doivent de posséder, alors que la C.I.A. parlent d'atouts majeurs à faire valoir dans le monde de l'espionnage et de la prise d'information, enfin des politiques pensent qu'il vaut mieux employer ces sujets afin de réaliser les basses besognes et les "missions suicides" afin de profiter d'eux.
Cependant, l'Intendant semble nourrir de biens d'autres espérances pour son équipe, et alors que chacun lui fait la court pour obtenir l'une ou l'autre mission, il devient peu à peu l'un des hommes incontournables du pouvoir, presque une éminence grise. Et, au sein même de la base, les quelques mutants qu'ils soient de l'équipe ou chercheur semblent également avoir leurs objectifs personnels à faire valoir.